Мемлекет діни бірлестіктердің ішкі құрылымын сыйлайды және олардың осы заңдарға сәйкес әрекет етуіне мүмкіндік береді, олардың діни ережелер мен нормаларға сәйкес ұйымдастыру мен басқару, соның ішінде діни қызметшілерді тағайындау, сайлау, шақыру құқығын мойындайды.
Мемлекет діни бірлестіктердің ішкі істеріне араласпауды және діни автономия құқығын мойындай отырып, дін ұстанушылар мен діни бірлестіктердің Қазақстан Республикасы заңнамасын бұзу, азаматтардың заңдық мүддесіне, ұйымдарға, мемлекетке зақым келтірген жағдайда, олардың қызметіне араласуға құқылы. Алайда, бұл заң аясында және барлық қажетті құқықтық процедураларды сақтай отырып, жасалады. Осылайша, діни бірлестіктер мен мемлекет әрқайсысы өз саласында дербес және бір-бірінің қызметіне араласпайды.
Діни бірлестіктерді мемлекеттен бөлу принципі діни бірлестіктер мен дін ұстанатындарды қоғамдық өмірден ажыратуды білдірмейтінін атап өту маңызды. Мемлекет дін ұстанатындарды тең құқықты Қазақстан азаматтары деп санайды, ал діни бірлестіктер мен дін ұстанатындарды әлеуметтік маңызы зор қайырымдылық, мәдени-ағартушылық, гуманитарлық қызметтерді жүзеге асыруға қатысушылар деп біледі және олармен осындай шараларда ынтымақтасады.
Мемлекет діни бірлестіктердің ішкі құрылымын сыйлайды және олардың осы заңдарға сәйкес әрекет етуіне мүмкіндік береді, олардың діни ережелер мен нормаларға сәйкес ұйымдастыру мен басқару, соның ішінде діни қызметшілерді тағайындау, сайлау, шақыру құқығын мойындайды.
Мемлекет діни бірлестіктердің ішкі істеріне араласпауды және діни автономия құқығын мойындай отырып, дін ұстанушылар мен діни бірлестіктердің Қазақстан Республикасы заңнамасын бұзу, азаматтардың заңдық мүддесіне, ұйымдарға, мемлекетке зақым келтірген жағдайда, олардың қызметіне араласуға құқылы. Алайда, бұл заң аясында және барлық қажетті құқықтық процедураларды сақтай отырып, жасалады. Осылайша, діни бірлестіктер мен мемлекет әрқайсысы өз саласында дербес және бір-бірінің қызметіне араласпайды.
Діни бірлестіктерді мемлекеттен бөлу принципі діни бірлестіктер мен дін ұстанатындарды қоғамдық өмірден ажыратуды білдірмейтінін атап өту маңызды. Мемлекет дін ұстанатындарды тең құқықты Қазақстан азаматтары деп санайды, ал діни бірлестіктер мен дін ұстанатындарды әлеуметтік маңызы зор қайырымдылық, мәдени-ағартушылық, гуманитарлық қызметтерді жүзеге асыруға қатысушылар деп біледі және олармен осындай шараларда ынтымақтасады.