Діни арнайы орта білім беру шеңберінде Қазақстан мұсылмандары діни басқармасына қарасты 9 медресе (Алматы қ. – «Әбу Ханифа» атындағы медресе, Алматы обл. – «Үшқоңыр» медресесі, Ақмола обл. –«Қаум ад-Дин әл-Иткани әл-Фрамабиәт-Туркестани» медресесі, БҚО – «Орал» медресесі, Ақтөбе обл. – «Ақтөбе қаласы медресесі», Жамбыл обл. – «ҺибатуллаТарази» медресесі, ОҚО – «Сарыағаш ауданының медресесі», Павлодар обл. – «Әбу Бәкір Ас-Сыдық» медресесі, Астана қ. – «Астана қаласы медресесі») қызмет етеді.
Медресенің оқыту жүйесі екі бағыт бойынша жүргізіледі:
• «0112013 – Имам хатиб (ер балалар үшін);
• «0112023 – Исламтану негіздерінің оқытушысы (қыз балалар үшін).
Қазақстан Республикасындағы діни қызметшілерді даярлау бойынша білім беру бағдарламаларына қойылатын талаптарға сәйкес барлық медреселердің жұмыс жоспарларына зайырлы пәндер (Қазақстан тарихы, дүние жүзі тарихы, қазақ әдебиеті, физика, география және т.б.) енгізілді.
ҚР БҒМ 2016 жылғы 22 қаңтардағы № 65 бұйрығына сәйкес «Әбу Ханифа» медресесі (Алматы қ., Медеу ауд.), «Үшқоңыр медресесінің», «Шымкент медресесі» (ОҚО, Шымкент қаласы), «Ақтөбе медресесі» (Ақтөбе қаласы) және «Сарыағаш» (ОҚО, Шымкент қаласы)медресесінің білім беру базасы колледж деңгейіне ауыстырылды.
